En 1990, Alain Omont prend les rênes de l'IAP. Les orientations précédentes sont maintenues, avec un accent particulier sur la cosmologie, l'astrophysique extragalactique et le traitement des données. Une véritable dynamique internationale s'instaure : l'IAP obtient, en 1991, le statut de Laboratoire européen et développe les collaborations internationales, avec une politique très active d'accueil de visiteurs. Le volet enseignement prend de l'importance avec l'hébergement du DEA de l'Université Paris 6 . C'est à cette époque que l'IAP commence à jouer un rôle de pôle d'astrophysique situé dans Paris intra-muros, particulièrement ouvert aux manifestations scientifiques de la communauté nationale et internationale. L'IAP met en place un statut de « chercheur associé » qui permet à des chercheurs d'autres organismes d'y travailler, après une cooptation par le conseil scientifique de l'institut. Une grande partie de la dynamique de recherche vient de cette ouverture interdisciplinaire et internationale.

En 1998, Bernard Fort devient directeur de l'Institut d'Astrophysique, qui a encore le statut de Laboratoire propre du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). Les équipes se structurent autour de quatre groupes de recherche (Cosmologie, Structures et Galaxies ; Cosmologie et Nucléosynthèse ; Magnétisme et Transfert ; Milieux Stellaires et Planétaires, Objets Compacts). Le traitement massif de données - et la simulation numérique afférente - sont renforcés avec la mise en place d'une plate-forme technique « POLARIS » (POLe Astrophysique de Recherche en traitement de l'Information et Simulation numérique), soutenue par la Région Ile-de-France.